Ten behoeve van inventarisatie is het archief op 9 februari 2012 overgebracht van het Missiehuis Sint Jozef te Panningen naar het Erfgoedcentrum Nederlands Kloosterleven te Sint Agatha. Op 7 en 8 februari 2012 is het archief in Panningen ingepakt. Daarbij is materiaal dat zeker niet voor inventarisatie in aanmerking komt gedeselecteerd, zoals ordners met facturen. Het archief was de laatste jaren onder matige omstandigheden opgeslagen. Bij de verhuizing is schimmelvorming op de archiefdozen geconstateerd, maar niet of nauwelijks op de archiefstukken zelf.

Het is raadzaam eventueel onderzoek te starten met inventarisnummer 543. Hierin staan levensdata vermeld, alsmede plaatsen waar leden hebben gewoond en gewerkt. De lijst functioneert als een soort toegang op personen en op de plaatsen waar zij werkzaam zijn geweest. Daarnaast kan een onderzoeker aan de hand van rubrieken met plaatsnamen in de titel zien waar Lazaristen hebben gewerkt. Via de lijst in 543 kunnen daar dan weer personen worden bijgezocht. Op die manier is de relatie tussen persoonsarchieven, huisarchieven en het bestuursarchief goed te onderzoeken.

Audiovisueel materiaal is in rubriek 5 genummerd in de serie 10.001-11.000 en is achteraan het archief geplaatst. Daarnaast zitten er in een aantal andere inventarisnummers nog enkele foto's, die vanwege het oorspronkelijke verband tussen de stukken daarin zijn gelaten. Glasnegatieven zijn in maart 2013 overgebracht naar de afzonderlijke collectie glasnegatieven. In 2017/2018 heeft de congregatie zelf hun foto-archief gedeselecteerd. Enkele foto's zijn ter zijner tijd mogelijk nog terug te vinden in andere stukken zoals persoonsdossiers en een ledenoverzicht dat de congregatie anno 2021 samenstelt. Het deselecteren van het foto-archief gebeurde nadat door het Erfgoedcentrum al verschillende foto's waren gedigitaliseerd (BM-bestand). Van veel gedigitaliseerde foto's is daarom het origineel niet meer raadpleegbaar. De volledig verwijderde inventarisnummers uit het foto-archief zijn uit de inventaris gehaald. Informatie hierover en de oude inventarissen van het audiovisueel materiaal zijn te vinden in inventarisnummer 6278.

Het zogeheten 'China-archief', zie rubriek 6, is door de congregatie altijd als een apart onderdeel beschouwd. Het is in zekere mate een soort onderzoeks-archief, met ook veel verzameld/gekopieerd archiefmateriaal uit archieven van de congregatie in Parijs en Rome. Veel stukken zijn in het Frans. In verband de totstandkoming en eventuele digitalisering van dit archief is het als een apart blok geïnventariseerd in de nummerserie 15.000. Foto's zijn afgescheiden vanaf nummer 15.501. Het China-archief werd in meerdere delen in 2022 en 2023 naar het Erfgoedcentrum overgebracht.

In de tijd dat het archief bij de congregatie berustte, zijn sommige persoonsdossiers gesplitst in persoonsdossiers en nalatenschappen, vermoedelijk vanwege ruimtegebrek. Bij de persoonsdossiers en nalatenschappen waar dit is gebeurd, is een onderlinge verwijzing naar de betreffende inventaris als opmerking bij de beschrijving gevoegd. In de persoonsdossiers treft men stukken aan die beschreven zijn in inventarisnummer 544, maar ook stukken van de missieprocuur. Persoonsdossiers en persoonsarchieven (nalatenschappen) vormen in die zin dus één geheel.

In 2023 is besloten om tijdschriften van het generalaat, de Annales de la Congrégation de la Mission (1834-1963) en de opvolger Vincentiana (1958-heden) niet op te nemen in het archief van de Nederlandse provincie. Het gaat om een groot aantal meters. Vooralsnog zijn de tijdschriften nog aanwezig in het provincialaat van de Lazaristen in Panningen. Beide series zijn digitaal beschikbaar via de website van De Paul University: https://via.library.depaul.edu/annales/ en https://via.library.depaul.edu/vincentiana/.
In 2023 zijn daarom de sporadisch aanwezige inv. nrs. uit deze serie uit het archief verwijderd.