Kort na de Eerste Wereldoorlog was in Europa sprake van een toenemende geloofsafval. De jezuïet Jacques van Ginneken wilde het tij keren. Hij deed een beroep op de apostolaatzin van katholieke vrouwen en mannen. Hij stichtte een drietal lekengroeperingen met ieder een eigen taak en doelgroep. In 1919 het Gezelschap van de Vrouwen van Bethanië, met als opdracht de godsdienstige opvoeding van kinderen. Twee jaar later ontstond het Gezelschap der Vrouwen van Nazareth, gericht op de ontwikkeling van meisjes en jonge vrouwen. En voor de ontwikkeling van jonge mannen werd op 16 januari 1922 het Gezelschap der Kruisvaarders van Sint Jan opgericht. Bij het opzetten van dit laatste gezelschap kreeg Van Ginneken hulp van een drietal mannen: J.P. Essen, A.D. Zwaans en C.J.M. van Corput.

De naam van het gezelschap verwijst naar de middeleeuwse kruisvaarders, die tegen het ongeloof vochten. Sint Jan is bekend als de apostel van de liefde. De naam van het gezelschap draagt uit, dat de strijd niet met geweld maar door liefde gestreden moet worden. De stichter beoogde een lekengezelschap van gelovige mannen, die wonend en werkend in de wereld, jongens bekeerden en ondersteunden in het leren van een degelijk vak. De leden kregen echter enkel de bisschoppelijke goedkeuring, indien ze samenleefden als broeders. Dus legden ze geloften af, volgden een postulaat en noviciaat, droegen binnenshuis een toog en hadden als hoofd een broeder-overste. In tegenstelling tot de leden van broedercongregaties legden zij geen openbare, maar particuliere geloften af. Deze geloften werden rechtstreeks aan God gedaan, dus zonder tussenkomst van de kerk. Vanaf 1942 hanteert het gezelschap een regel, deze is door bisschop Huibers van Haarlem goedgekeurd.

Het vakcatechumenaat typeerde gedurende lange tijd de aanpak van de Kruisvaarders.Bedrijven werden opgericht met daaraan verbonden vakscholen, zodat jongens in een beschermde omgeving konden leren en werken. Behalve vakonderricht kregen de jongens ook sportbegeleiding en catechismusonderricht. Het eerste huis te Rijswijk (1925) kreeg als naam het devies van de stichter mee: Ora et Labora (bid en werk). In Rijswerk ontstonden een drukkerij, een radioverkoopafdeling, een kleermakerij en een smederij. In 1929 werd in Rotterdam een tweede huis opgericht, waar de woon- en werkomstandigheden vergelijkbaar waren. Huizen in Schiedam, Wateringen en Rumpen volgden.

Vanaf de tweede helft van de jaren dertig kwam er ook aandacht voor het volwassenenapostolaat. Zo werd in 1936 te Utrecht het Benedictus Labre Huis geopend voor de opvang van dakloze katholieke mannen. Een jaar later namen de Kruisvaarders de leiding over van Huize Padua te Rotterdam, waar werklozen werden opgevangen. Het werkterrein bleef niet tot Nederland beperkt. In 1936 gingen de eerste Kruisvaarders naar Engeland om werkloze mijnwerkers bij te staan. Vanaf 1937 ontwikkelden zij in Curaçao onder meer het 'Eenvoudig Technisch Onderwijs' (ETO).

Het gezelschap heeft ook tegenslagen gekend. Eind jaren dertig waren de financiële problemen dusdanig dat hun voortbestaan gevaar liep. Activiteiten werden afgestoten en huizen verkocht. In 1944 werd het moederhuis Ora et Labora door een raket verwoest, waarbij 14 mensen om het leven kwamen. Door middel van de verkoop van kalenders, het organiseren van loterijen en door geldelijke steunbetuigingen, wist men het financieel te redden. Direct na de oorlogsjaren werd er in Wassenaar een nieuw moederhuis opgericht, dat de naam van de stichter meekreeg: het Van Ginnekenhuis. Behalve het generalaat werden hier het noviciaat en het opleidingsinstituut ondergebracht.

In Nederland heeft het gezelschap vanaf 1945 nog huizen in Rotterdam, Zeist, Maastricht en Heemstede gehad. Sinds de jaren zestig van de vorige eeuw, zijn de werkzaamheden in opvanghuizen en internaten afgenomen ten gunste van activiteiten op het gebied van het maatschappelijk werk. Wat het buitenland betreft vertrokken in de jaren vijftig en zestig van de vorige eeuw, Kruisvaarders naar Afrika (Belgisch Kongo), Nicaragua, Panama, Canada en Noord-Amerika om daar als sociaal werkers, onderwijzers, ontwikkelingswerkers en landbouwdeskundigen hun missie vorm te geven.

De Kruisvaarders hebben grote veranderingen meegemaakt. In 1948 kreeg het gezelschap de status van een Seculier Instituut. Deze nieuwe door de paus goedgekeurde vorm van samenleven, maakte het voor een ongehuwde man mogelijk om zich voor bepaalde tijd te binden aan de Kruisvaarders zonder geloften af te leggen. Het ideaal van de stichter werd nu, weliswaar met een krappe meerderheid van stemmen, realiteit. De regel van 1942 werd in 1974 vervangen door een Beginselverklaring, die alle leden moesten onderschrijven. De gezindte werd toen van rooms-katholiek tot oecumenisch. Na dat jaar konden tevens gehuwde mannen en ook vrouwen tot het gezelschap toetreden. In 1991 kreeg de stichting haar eerste vrouwelijke voorzitter.