De congregatie van de Zusters Franciscanessen van Etten heeft haar wortels in de franciscaanse Derde Orde (Tertiarissen), een lekenbeweging. De kloosterlijke variant van deze orde ontwikkelt zich vanaf de dertiende eeuw. Het eerste Tertiarissen vrouwenklooster wordt in 1397 opgericht.

De congregatie van de zusters van Etten is gesticht in 1820 vanuit Dongen. De stichteres Marie Raaymakers (mère Marie Joseph, 1781-1867) sloot zich als eerste Nederlandse novice aan bij een aantal Belgische religieuzen die gevlucht waren naar Dongen. Deze zusters waren volgelingen van moeder Johanna van Jezus (1576-1648 ), de stichteres van de zogenaamde Limburgse Reform.

De eerste zusters richtten in Etten een pensionaat op om onderwijs en vorming te kunnen geven aan jonge meisjes, en om tevens daardoor een bron van inkomsten te hebben. Daarnaast begonnen zij met het kosteloos geven van onderwijs aan meisjes in Etten, waar voorheen alleen een jongensschool gevestigd was. Deze dorpsschool was lange tijd het belangrijkste liefdewerk van de zusters.

In de loop van de 19de eeuw werden op veel plaatsen, vooral in West Brabant en Zeeland, succursalen (dochterstichtingen) opgericht. Dit gebeurde meestal op verzoek van de pastoor die graag zusters had voor de meisjesschool. In de zogenaamde bewaarscholen hadden de zusters de zorg voor zowel jongens als meisjes. Dit onderwijs bleef tot 1957 ongesubsidieerd.

Vanaf 1922 werd ook de wijkverpleging door de Ettense zusters verzorgd vanuit de succursalen.
De scholen in Etten breidden zich in de loop der tijd uit tot velerlei vormen van onderwijs, zoals ULO, MMS (later Mavo en Havo), huishoudschool, kweekschool (opleiding tot onderwijzeres) en een opleiding tot kleuterleidsters. Uit de samenvoeging van deze scholen ontstond in samenwerking met de Broeders van Liefde de "Katholieke Scholengemeenschap Etten-Leur e.o." (KSE). Het VMBO en MBO, het Munnickenheidecollege, ontstond door samenvoeging van de huishoudschool met de LTS.

Ook het werk in de missie is de congregatie steeds ter harte gegaan. In de 19de eeuw vertrokken een vijftal zusters naar Curaçao, samen met de zusters van Roosendaal (Franciscanessen van Mariadal) die daar verschillende vestigingen hadden en anno 2007 nog hebben. In 1924 stichtte de congregatie van Etten een eigen missiegebied op (West) Borneo in Indonesia (het huidige Kalimantan Barat). Deze zustergemeenschap in Indonesië krijgt in 1969 de status van een regio en wordt in 1994 een zelfstandige bisschoppelijke congregatie. Vanaf 1959 worden er ook in Zaïre missiestaties opgericht door de Zusters van Etten. In de missielanden werkten de zusters in het onderwijs, de verpleging, het sociaal werk, het jeugdwerk en de catechisatie. Bovendien verzorgden ze in deze landen opleidingen tot vroedvrouw. Eind twintigste eeuw was het werk in de missielanden afgerond of overgedragen aan de eigen bevolking.

In de tweede helft van de 20ste eeuw, toen het onderwijs in Nederland volledig gesubsidieerd was, hebben de zusters zich op vele plaatsen teruggetrokken uit het onderwijs. Nieuwe taken waarvoor niet voldoende leken en/of geld beschikbaar waren dienden zich aan en de zusters pakten dit op. Het betrof werkzaamheden in de bejaardenzorg, het open bejaardenwerk in grote steden, de zorg voor gehandicapten, eenzamen en daklozen, de zwakzinnigenzorg, pastoraal werk en huishoudelijke taken in pastorieën. Was het doel van de congregatie voorheen vooral gericht op opvoeding en onderwijs, later werd het doel omschreven met de woorden: "Het vormen van een gemeenschap van religieuzen die door leven en werken getuigt van de Blijde Boodschap".

De toenemende vergrijzing binnen het ledenbestand van de congregatie en daarmee de verzorgings- en verplegingsbehoeftigheid deed het congregatiebestuur in de jaren zeventig besluiten tot de oprichting van een kloosterbejaardenoord (KBO). De twee bestaande panden San Francesco en Mariahof te Etten-Leur gingen na een grondige verbouwing functioneren als KBO San Francesco I (1976) en de verpleegafdeling San Francesco II (1977).

De congregatie kreeg in 1855 rechtspersoonlijkheid onder de naam "Zedelijk Lichaam Opvoedingsgesticht St. Joseph". In 1980 verandert de naam in "Zusters Franciscanessen van Etten. De congregatie is van diocesaan recht en heeft haar hoofdzetel in Etten-Leur. Aan het hoofd van de congregatie staat het algemeen bestuur, bestaande uit de algemeen overste en ten minste twee raadsleden. Zij worden gekozen voor minimaal drie en maximaal zes jaar door het algemeen kapittel. Ze kunnen herkozen worden, maar de gehele ambtstermijn mag niet langer dan twaalf jaar zijn. Een regio is een bestuurseenheid binnen de congregatie, die een aantal communiteiten onder de leiding van de regionale overste verenigt. Binnen de regio's is sprake van een regionale raad en van regionale kapittels.